采用環氧乙烷滅菌器滅菌時，滅菌柜內的溫度、濕度、滅菌氣體濃度、滅菌時間是影響滅菌效果的重要因素。可采用下列滅菌條件:

　　環氧乙烷濃度  450-1200mg/L  相對濕度50%-80%

　　溫度          37-63℃       滅菌時間90-300min

　　裝載時物品相互之間應保持10mm的間隙，且裝載量不可超過內室容積的80%，以利于環氧乙烷氣體的順暢流通。按照衛生部《醫療衛生機構消毒技術規范》要求，滅菌物品中殘留環氧乙烷應低于10mg/kg。

　　環氧乙烷具有易燃、易爆性。當空氣中含有3%環氧乙烷時，形成爆炸性混合氣體，遇明火即可發生燃燒或爆炸。因此，滅菌器及氣罐務必遠離火種火源(如火柴、煙頭及易閃現靜電、火花的電氣場所)。如發生燃燒，可噴水或使用泡沫滅火劑、二硫化碳滅火劑、干粉滅火劑;若不能及時堵漏，應任其燃燒，并將容器轉移出火場。環氧乙烷具有中度毒性，大量急性吸入或慢性吸入環氧乙烷、眼睛接觸環氧乙烷、皮膚接觸環氧乙烷以及消化道接觸環氧乙烷，都對人體有很大危害。

　　環氧乙烷滅菌器雖有很多優點，但亦有不足之處。如液體類物品不能用環氧乙烷滅菌，具有潛在易燃性的物品裝置不能用環氧乙烷滅菌，食品和多數藥品不宜采用環載乙烷滅菌。致密性粉狀物滅菌效果難以保證。滅菌時間較長。